Через несколько месяцев об этом случае узнали сотрудники ФСБ, и 5 нацболов оказались обвиняемыми, а нападавшие – около 40 человек – потерпевшими.
9 марта 2008 года, перед проведением "Марша несогласных", Михаил Пулин, Алена Горячева и Павел Жеребин были задержаны. Им было предъявлено обвинение по ст. 213 ч. 2 УК РФ - "хулиганство". Также всем обвиняемым, без дифференциации по действиям были предъявлены обвинения в нанесении побоев (116 УК РФ), легких (115 УК РФ) и средних телесных повреждений (112 УК РФ). Суд избрал в качестве меры пресечения содержание под стражей.
Пулин Михаил и Жеребин Павел были помещены в СИЗО "Бутырка", Горячева Алена в СИЗО "Печатники", Макаров Алексей и Никитин Андрей скрылись и попросили статус беженца на Украине.
За Павла Жеребина личные поручительства подписали Алексеева Людмила Михайловна, Председатель Московской Хельсинской группы, Председатель Правления Фонда "В защиту прав заключенных", Пономарев Лев Александрович, исполнительный директор Общероссийского общественного движения "За права человека", а также депутат Государственной Думы ФС РФ Кашин Владимир Иванович. На момент ареста его супруга находилась на 7 месяце беременности и в начале лета 2009 года родила сына.
За время содержания нацболов в СИЗО "Бутырка" к Михаилу Пулину и Павлу Жеребину регулярно приходили для беседы сотрудники Центра "Т" и ФСБ, которые избивали нацболов за отказ сотрудничать.
Когда нацболов ознакомили с материалами дела, выяснилось, что 90% обвинительного заключения посвящено политической деятельности подсудимых. В частности, их бездоказательно обвиняют в создании некой "группировки внутри НБП", а сама драка описывается как "нападение с целью разжигания межнациональной и социальной розни". Между тем, все потерпевшие (их 25 человек, против 5 "обвиняемых") показывают в суде, что "драка была обоюдной", "претензий они не имеют", "потерпевшими их сделал следователь", а также что никаких лозунгов, разжигающих какую-либо вражду никто не кричал.
Кроме того, выяснилось, что обвинительное заключение одинаковое у всех обвиняемых. По материалам дела выходит, что все пятеро обвиняемых,в том числе Алена Горячева, нанесли одинаковые повреждения всем потерпевшим, что лишено всякого здравого смысла, кроме того, не совпадает с показаниями самих потерпевших и свидетелей.